Госпиталь учрежден 24 июня 1835 г. по воле императора Николая I приказом военного министра № 4481.
В настоящее время является одним из крупнейших медицинских учреждений в России и крупнейшим военным медицинским учреждением. Сотрудниками военного медицинского госпиталя являются врачи высочайшего класса, проводящие уникальные медицинские операции и регулярно выступающие с докладами на мировых медицинских форумах.
6 августа 1840 г. госпиталь на 1340 коек был открыт для приема больных. 12 сентября 1840 г. он был назван Первым военно-сухопутным санкт-петербургским госпиталем, а 19 июля 1869 г. переименован в Петербургский Николаевский военный госпиталь и в течение последующих 50 лет носил это название.
С госпиталем связаны славные страницы военной медицины. В клиническую практику внедрялось все лучшее, чем располагала тогда медицинская наука, видные ученые-медики оставили заметный след в его истории. Среди них были М. И. Аствацатуров, В. М. Бехтерев, В. И. Воячек, П. А. Куприянов, Г. Ф. Ланг, Н. Н. Петров, О. Н. Подвысоцкая, Р. Р. Вреден, В. А. Бейер, Б. Л. Поляк и др.